Pada tahun 1998 Berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 18/DIKTI/Kep/ 1998 tanggal 26 Januari 1998, Program Studi Diploma IV (D.IV) berubah menjadi Program Studi Strata 1 (S.1) Manajemen, dengan konsentrasi:

1. Manajemen Transportasi Udara (MTU),
2. Manajemen Transportasi Darat (MTD), dan
3. Manajemen Transportasi Laut (MTL)

Berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 18/DIKTI/Kep/1998. Pada tahun 2007, Pada tahun 2007, STMT Trisakti menambahkan peminatan Manajemen Logistik (M.Log) untuk program S1 Manajemen.

Kemudian, pada tahun 2018, STMT Trisakti berubah bentuk menjadi Institut Transportasi dan Logistik (ITL) Trisakti berdasarkan berdasarkan SK Kemristek Dikti No. 176/KPT/I/2018. Pada tahun 2022. Berdasarkan perubahan bentuk menjadi institut, maka program studi Sarjana Manajemen dan seluruh peminatan kini berada di bawah Fakultas Manajemen dan Bisnis (FMB). FMB selanjutnya menambahkan peminatan Manajemen Perkeretaapian (MKA) pada tahun 2022, sehingga program S1 Manajemen saat ini memiliki beberapa peminatan yaitu:

1. Manajemen Transportasi Udara (MTU),
2. Manajemen Transportasi Darat (MTD),
3. Manajemen Transportasi Laut (MTL),
4. Manajemen Logistik (M.Log),
5. International Class (Inter: MTU, MTD, MTL, M.Log), dan
6. Manajemen Perkeretaapian (MKA)

Akreditasi Program Studi Sarjana Manajemen “A” pada tahun 2018, dengan Nomor SK BAN-PT/LAM: 3616/SK/BAN-PT/AK-PNB/S/XII/2018. Selanjutnya, Peringkat Akreditasi Program Studi Manajemen Pada tahun 2023 Menetapkan Peringkat Akreditasi Program Studi Manajemen pada Program Sarjana Institut Transportasi dan Logistik Trisakti, Kota Jakarta Timur adalah “Unggul”. Dengan Nomor: 654/DE/A.5/AR.10/VIII/2023 berlaku dari tanggal 31 Agustus 2023 sampai dengan tanggal 31 Agustus 2028.